Η υπηρεσία ασφάλειας έχει ως βασικό σκοπό την διασφάλιση της ασφάλειας των συστημάτων, δεδομένων και υπηρεσιών που βρίσκονται υπό την διαχείριση του Κέντρου Δικτύου ΕΜΠ. Κύριος στόχος είναι η διασφάλιση της σωστής λειτουργίας των εξυπηρετητών και σταθμών εργασίας όλων των τμημάτων του ΚΕΔ αλλά και ο προληπτικός έλεγχος καλής χρήσης των δικτυακών πόρων.